Das Ziel der Zusammenarbeit besteht darin, dass die beiden Universitäten ihre wissenschaftlichen Zusammenarbeit ausweiten und eine Absichtserklärung unterzeichnen.
Am Institut gibt es bereits ein Projekt der UIN Walisongo und der Universität Wien zu den Themen "The Return on Islamic Religious Education – An Evaluation of the Effects of Islamic Religious Education in Central Java" und "Effekte des islamischen Religionsunterrichts in Österreich".